Während seiner Zeit bei Nintendo entwickelte Gunpei Yokoi die Game & Watch-Spiele und den GameBoy. Ferner war er der Schöpfer des digitalten Steuerkreuzes (D-Pad), das heute standardmäßig bei nahezu allen Gamepads vorhanden ist. Bei zahlreichen Spiele-Hits wie Donkey Kong, Mario Bros., Metroid, Tetris Attack und Fire Emblem Seisen no Keifu. Der Tiefpunkt seiner Karriere war der kommerzielle Misserfolg der Spielkonsole Virtual Boy. Fire Emblem: Seisen no Keifu sollte sein letztes Spiel bleiben.

Nach dem Flop des Virtual Boy 1996 verließ Yokoi Nintendo, und gründete eine neue Firma, Koto. Dort entwickelte er die Handheld-Konsole Wonderswan. Ihm zu Ehren wurde das erste Spiel für den Wonderswan Gunpey genannt.

1997 kam Yokoi bei einem Autounfall ums Leben. Er saß in einem Auto mit Etsuo KisÅ?, einem Geschäftsmann aus Kyoto, am Steuer. KisÅ? riss das Steuer herum, um den Schaden in Grenzen zu halten, als ein von Iwao Tsushima gesteuertes Fahrzeug KisÅ? und Yokoi erfasste. KisÅ? erlitt einen zweifachen Rippenbruch, Tsushima und seine Frau wurden leicht verletzt.

Zahlreiche Mitarbeiter von Nintendo of America standen mit Gunpei Yokoi in engem kollegialen Verhältnis.